法人税や消費税などは、納税者（税金を納める人）自身が、税金を計算して納める方式をとっています。これらの税金の計算などが正しいかどうか確かめに税務署などの人がくることを税務調査といいます。
税務調査とは
税金を自分で計算して納めるという制度上、税金の計算を間違えてたりわざと少なく払ってたりする場合や、税金の計算の元になる記帳などがおかしい場合などがあり得ます。
意図的に税金を誤魔化してる場合は脱税ですが、意図していなくても間違えたりすることはあり得ます。そうすると、正確に税金を計算し納めている人と不公平が出ますので、税務署などの人間が調査に来るというわけです。
もちろん、納めた税金が少なければ不足分を納めなければいけませんし、ペナルティもあります。
ちなみに、殆どの場合の調査は任意調査と呼ばれるものです。テレビや映画などで見かけるマルサがやっている派手な調査は強制調査と呼ばれ、大きな脱税をしているところに行われますので、普通の場合には見かけません。
法人税の調査
法人税の調査は概ね３〜５年くらいのスパンで来ます。３年ごとに頻繁に来られる法人もあれば、７年以上あけてくるような場合もあります。
普通の法人の場合には、法人の経理状況などが適正かどうか状況を確かめにくる程度なのでそこまで頻繁に来ないようですが、前回の税務調査時に不正や大きな間違いが見つかっている場合には、これらが改められているか確かめるために税務調査に来られやすいようです。
あとは、売上が急激に増加している場合とか、税務署の資料等から見て明らかに売上が漏れている場合とか、同業他社よりも明らかに利益が少ない場合などには税務調査に入られやすいようです。
税務調査と税理士
税金のプロフェッショナルである税務署の人が、きちんと税金を計算しているか、帳簿書類が正しいかなどを確認にくるのが税務調査（任意調査）ということになりますが、調査を受ける側は素人です。
このままでは、税務署の方に有効な反論が出来ない場合も多いでしょう。（もちろん、むちゃくちゃな調査をする税務署の方は殆どいませんが…）
また、反論とまではいかなくとも税務署の方にこちら側の意見を伝える必要がある場合、税務的な知識に乏しいとうまく折衝出来ないことも考えられます。
そういった際には、顧問税理士が有効です。税務調査の際に税理士に立ち会ってもらって、税務署と納税者の間をうまく取りなしてもらいましょう。そのためにも、税理士と普段からコミュニケーションはとっておいて下さい。