確定申告の際に、色んな書類を提出しますが「決算書」と「申告書」は別物です。
「申告書」は税金の計算をする書類です。確定申告する人は誰でも出さなければいけません。
「申告書」には「A」と「B」がありますが、決算書が必要な人は「B」の申告書を提出します。
申告書は、税金の計算をする書類ですが、税金がかかる所得の計算は手間のかかるものもあります。ですから、所得の計算のうち一定のものについては別の書類で計算することになります。
その中で、事業所得や不動産所得のある人は決算書を作成することになります。（収支内訳書のかたもいますが、内容は大体同じです）
事業所得や不動産所得では、収入や経費等を集計して記載をしていきますが取引が多い場合にはそれなりに手間もかかってしまいます。
その際に、記帳が必要なわけですが大抵は「会計ソフト」などを使用して効率的に決算書を作成している方が多いようです。（もちろん、規模がそこまで大きくなければ手書きでの集計も可能ですが）
要するに、普段何となく会計ソフトを入力しているという人もいるかもしれませんが
会計ソフトに入力→数字まとまる→一定の調整を加える→「決算書」作成→「決算書」の数字を「申告書」に移す→事業以外の事項を申告書に記載→「申告書」完成→提出→納税or還付
といった流れなわけです。