たとえば、飲食業で、チョット食材が不足していたため、近場のスーパーへ。買い物の途中、洗剤が無くなっていることを思い出して洗剤も買いました。領収書には、食材（仕入）と洗剤（消耗品費）という複数の経費があります…といった場合のはなしです。
経費ごとに分ける
仕入と消耗品費のように、１つの領収書に複数の経費がある場合にはそれぞれの経費ごとに分類しなければなりません。
経費ごとに分けるということは、経理処理がそれだけ面倒くさいということになります。
この場合、経理処理（会計ソフトへの入力）については、①複合仕訳として処理する②取引を分解して処理する、の２択となります。
①の複合仕訳として処理するというのは…
※例として、仕入４００円、消耗品費２００円とします。
仕入 ４００／現金 ６００
消耗品費 ２００ ／
のような形で振替伝票入力するということです。
（参考）会計ソフト…複合仕訳は振替伝票で入力
②の取引を分解する場合には…
仕入 ４００／現金 ４００
消耗品費 ２００／現金 ２００
と処理します。これなら現金出納帳からだけで入力が可能です。（給料の支払いなどのように分解できない取引もあるので注意が必要です）
経理処理を考慮して、複数の領収書を貰う
経理処理を考慮して、複数の領収書を貰えば、（この場合だと仕入と消耗品の領収書を貰うわけですが）むずかしい複合仕訳を考えなくても処理することが可能となります。
が、スーパーのレジなどで領収書を分けてくれていってもむずかしいでしょうし、会計の手間がかかって仕方ありません。
店ごとに買うものを決めてしまう
領収書を分けてもらうのが現実的でないとすると、店ごとに取引を決めてしまうのがいいかもしれません。
このスーパーでは、食材しか買わない。従って、このスーパーの領収書は基本的にすべて仕入である。となれば、会計処理をする立場からしたらスムーズに処理ができますし、間違いも減るでしょう。
一方で、買い忘れるなどのデメリットもありますが。
どこかで手間が発生する
結局のところ、複数の取引を同時に行えば、どこかで手間がかかります。レジを通るときなのか、経理担当者が処理をするときなのか…
個人的な見解としては、経理担当者は経理業務だけを行っている会社は少なく、総務業務やそれ以外の業務も兼ねていることが多いです。じつはメチャメチャ忙しいことが多いのですが、そのあたりを他の人はイマイチわかっていないことが多く、苦労されています。
ですから、購買する人間が気を利かせて、ある程度、仕入だったら仕入だけ、みたいな形で取引ごとに店を変えたり、領収書を分けてあげるほうが、優しいのかなと思います。