1.税務申告していない
問題外でしょう。
税務申告をしていないと、本来支払うべきであった税金のほかに罰金も発生します。
悪質な場合には捕まりますし何もいいことはありません。
それに加えて、融資を受けたりといった公的なサポートも受けられません。
2.税理士関与なしで自分（経理代行会社）
個人事業主の簡単な申告であれば問題ない場合も多いですが、法人の場合は複雑なので税理士が関与していた方がリスクは低くなります。
また、多くの税理士は自身が関与していない個人事業主や法人の税務調査だけを受けるということができないので、税務調査などのときに対応が難しいです。
3.税理士関与あり、会社が行き過ぎた節税思考
税理士が関与していても、会社側が行き過ぎた節税思考を持っていると、税理士はうまく機能せず、税務リスクは高いままです。
法律の許す範囲内で手を尽くして、税金を減らすように努めるのが節税。
その限度や法律の枠内を飛び越えてしまうと脱税です。
誰しも税金をたくさん払うのは嫌なものですが、一定のところで「仕方がない」と割り切れるかどうかでしょう。
4.担当者の意識が低すぎる
個人事業主や法人の「担当者」もそうですし、税理士側の「担当者」も。
担当者の意識（やる気）が低いと、物事はうまく進みません。能力が低いのは問題外ですが、そういった担当者も見かけます。
担当者の意識を高めるには一人にしないことでしょう。必ず相互チェックをするためもいいましょうか、一人だけでやっていると「まあいいか」が蔓延ってしまうものです。
5.会社が忙しく資料が遅れがち
会社が忙しいとお客さんの相手（営業など）が優先されますから、内部管理である経理などは後回しにされがちです。
その結果、経理データの取りまとめが遅れるとか、決算に必要な資料が揃わないとかの事態に陥ります。
早くデータが揃えば、さまざまなリスクや節税策などの施策を充分に検討できますが、そうでなければその逆になるのは自明でしょう。
6.会社がまあまあ協力的（業務バランスが取れている）
先のように忙しすぎて、やる気はあるのだけれど後回しに転借権という状態を脱した状態です。
忙しいながらも会計・経理データの取りまとめなどもある程度のスパンでできている、外部の税理士をはじめとした専門家とも連携が取れている。
となれば、ある程度リスクは軽減されますし、データが揃ったうえで連携が取れているので、多少のトラブルでも機動的に対処できるはずです。
7.コミュニケーションがしっかり取れている
経営も融資も、税務調査なども机上の数字だけをみて機械的に物事を決めているのではありません。
そこには人間が絡んでいますから、決算書の数字にも実は会社や社長の考え方などが見え隠れするものなのです。
となると、税理士などは経営者とコミュニケーションがしっかりと取れているのが望ましく、そうであれば考え方などがわかるので、より精度の高い決算書になるし、経営や資金繰りのアドバイス、融資などにおける事業計画、税務調査時の対応なども精度が高まるわけです。