会計ソフトに入力したり、あるいは帳簿を付けたりするときに領収書等を見ながらの作業になります。その際、領収書等は支払別に分けておいた方が作業がラクです。
現金・預金・カード支払等
会計ソフトにダイレクトで入力をする場合（振替伝票を作成しないで領収書等を見ながら、そのまま入力する）、預金・現金・カード支払等のように支払別に領収書等を分けておくと入力がしやすいです。
これらが混ざっていると、入力の際に分けながら作業をしなければいけませんので混乱の元になってしまいます。
ですから、作業前にあらかじめ預金・現金・カード等と支払別に分けて整理しておくと良いでしょう。（逆に言えば、支払別に分けるくらいしか整理する必要はないのですが…）
日付は大丈夫
領収書はキッチリ日付順に整理しなくても大丈夫です。ランダムに入力しても、会計ソフトが並べ替えてくれますので。
ですから、何ヶ月か前の領収書が発見されてもそのまま入力すれば良いのです。（ただし、期を跨いでると問題がありますが…）
入力や帳簿付けをする際には月ごとにするのが一般的なので、月ごとにまとめておけば多少大雑把でも良いのではないでしょうか。（キッチリ並べようとすると結構大変なので）
カード支払は支払ったとき入力
カード支払の場合、締め日の後にずいぶん経ってから支払日が来ます。
どのタイミングで入力するか迷うところですが、一般的には支払日に入力するようです。カード会社から支払明細が来ますから、それらを見ながら入力するのがカンタンです。
カード支払の場合に注意したいのは、カード会社が作成する支払明細は領収書の役割を果たさないということです。
ですから、買い物をしてから支払までずいぶんとタイミングが空いてしまいますが、買い物をした際にお店から渡される領収書等をしっかりと保存しておく必要があります。