給料とともに受け取る通勤手当ですが、非課税とか書かれてることが多いです。所得税が非課税という意味なんですが、どこまで知られているのかは謎ですね。
通勤に要した金額を会社が負担する通勤手当ですが、移動手段によって所得税が非課税となる金額が異なります。電車やバスなどの公共機関で移動の場合は、1ヶ月あたり100,000円までが非課税となっています。100,000円を超える部分は所得税の課税対象になります。（100,000万円を超える通勤費ってどんな遠くから通ってるんだと思いますが…）
マイカーや自転車の場合は片道の通勤距離に応じて以下のように定められています。２ｋｍ未満は通勤手当が支給されていても全額が課税です。
２ｋｍ以上１０ｋｍ未満 4,100円
１０ｋｍ以上１５ｋｍ未満 6,500円
１５ｋｍ以上２５ｋｍ未満 11,300円
２５ｋｍ以上３５ｋｍ未満 16,100円
３５ｋｍ以上４５ｋｍ未満 20,900円
４５ｋｍ以上 24,500円
ちなみに、これらの非課税金額は従業員の「所得税」についての非課税金額であって、会社が経費として通勤交通費の仕訳を切る際には会社の「消費税」は「課税」になりますので、間違えないように注意しましょう。
移動手段については最も経済的かつ合理的な方法を選ばなければならないので、無駄に遠回りをしている路線などを選んではいけないようです。
通勤手当をいくら支給するかは、会社が給与規定などで定めることとなりますが、所得税法上の非課税となる金額は上記の通りです。知人の話では、電車の定期は常に３ヶ月分以上買うように指導があったそうです。３ヶ月定期の金額しか支給されなかったという話ですが、ケチというかなんというか…
通勤手当のうち一定の金額は所得税が非課税ですが、社会保険料を算定する上では通勤手当も計算の対象に入ります。所得税と社会保険料では計算の考え方が違うんですね。ややこしいので、社会保険も所得税に倣うべきだと思うのですが（笑）