法人だと法人税が、個人事業主だと所得税がかかります。これらは儲けに対して課税されます。儲けを計算するうえで、プライベートな支出は差引くことが出来ません。
プライベートな支出は差引けない
個人事業主の所得税は儲けに対してかかる税金です。その儲けは自分で計算しなければいけないので、記帳をしなければならないわけですが、その際にプライベートな支出は経費と出来ません。
儲けを計算するうえで差引いても良いのは、あくまで事業に関係のある支出だけです。
ですから、プライベートな支出…例えば、健康保険料等は差引くことが出来ないのです。
所得控除で面倒を見る
しかしながら、健康保険料等は半強制的に徴収されるものであり、税金を計算するうえで何らの手当も無いのは酷な話でもあります。
そこで、所得控除という制度があります。
個人事業主が得た儲けから、プライベートな支出等ではあるけれども、半強制的に徴収されるものだったり、公的な性格が強いものだったり…については、先ほどの儲けから差引くことが出来るようにしています。
ですから、実は健康保険料も所得控除として差引くことが出来ます。
記帳との関係
普段、帳簿を付ける（会計ソフトに入力する）際には、事業に関わる部分だけを入力しています。そして、事業に関わる儲けを計算しています。
所得控除は、この儲けから差引くのですが、帳簿を付けるうえでは差引けません。
どこで差引くのかというと、申告書を作成する際に差引きます。
所得控除は全て同じ理屈です。医療費、健康保険、生命保険料etc、申告書を作成する際に差引きますので、普段帳簿を付ける際には差引くことは出来ません。
ですから、健康保険料の領収書等は普段の記帳の際には使わないのですが、確定申告の際に申告書を作成する際に用いますので無くさないように保存しなければいけないというわけです。