税務調査とは｜小規模企業で確認される項目と調査の流れ

税務調査は、税金の申告内容が、実際の取引や保存されている資料と合っているかを確認する手続きです。

法人税や消費税などは、納税者が自ら税額を計算し、申告・納税する仕組みです。そのため、意図せず処理を間違えたり、取引の実態が申告書に正確に反映されていなかったりすることがあります。

税務調査によって誤りが確認された場合には、その内容を改める必要があります。また、今後の経理処理について説明や指導が行われることもあります。

確認される項目は、業種、事業規模、取引形態、経理状況などによって異なります。

この記事では、小規模企業に対して行われる一般的な税務調査について、その目的、大まかな流れ、日頃から整えておきたい経理処理を説明します。

この記事で扱う税務調査

この記事では、税務署の調査官が会社や事務所を訪問し、帳簿や資料を確認する一般的な任意調査、いわゆる臨場調査を前提としています。

ここでいう「任意」とは、査察調査のように、令状に基づいて捜索や差押えを行う強制調査ではないという意味です。

ただし、一般的な税務調査も、国税通則法に基づく質問検査権によって行われます。

正当な理由なく調査を拒否した場合や、帳簿書類の提示に応じなかった場合などには罰則が設けられているため、納税者が自由に拒否できるという意味ではありません。

なお、電話や文書による簡単な内容確認や、悪質な脱税が疑われる場合に行われる査察調査については、この記事の対象としていません。

税務調査は申告内容と実態を確認する手続き

法人税の申告では、会社の帳簿や決算書を基礎として税務上必要な調整を行います。

消費税の申告では、売上や仕入れなど、それぞれの取引について税務上の区分を確認する必要があります。

税務調査では、帳簿、請求書、領収書、契約書、預金通帳、議事録などの資料と申告書を突き合わせます。また、社長や担当者から取引の経緯や事業内容を聴き取り、申告内容が実態と合っているかを確認します。

たとえば、次のような内容です。

会社によって、外注費が多い、固定資産が多い、現金売上の構成比が高いなど、取引の特徴は異なります。そのため、税務調査で確認される項目も一律ではありません。

税務調査の大まかな流れ

一般的な臨場調査は、おおむね次のように進みます。

段階	主な内容
税務署からの連絡	会社または税務代理人である税理士に、調査を行う旨の連絡があります
日程の調整	会社、税理士、税務署の都合を確認し、調査日時や場所を決めます
事前準備	帳簿、申告書、請求書、領収書、契約書、預金通帳などを準備します
調査当日	調査官が資料を確認し、事業内容や取引、経理処理について質問します
追加確認	必要に応じて、追加資料の提出や説明を行います
調査結果の説明	申告内容に誤りがある場合には、その内容や理由について説明があります
調査結果への対応	指摘内容を確認し、必要に応じて修正申告などを検討します
調査終了	申告内容に誤りがない場合には、その旨が書面で通知されます

調査当日だけで、すべての確認が終わるとは限りません。

私の経験上、小規模企業では1日から2日程度の日程が組まれるケースが多いものの、必要となる日数は、会社の規模や資料の量、確認事項によって異なります。

臨場調査後も、追加資料の提出や説明が続くことがあります。また、税務署でも、調査内容や提出資料について署内で検討するため、調査結果は通常、後日説明されます。

小規模企業で確認されることがある経理項目

小規模企業では、経理体制や帳簿の精度に会社ごとの差があります。

一方で、実際の取引の流れに沿って経理が行われているかという点では、共通して確認される部分もあります。

ここでは、一般論として、税務調査で確認の対象となることがある代表的な項目を挙げます。

項目	確認される内容の例
売上	売上が漏れなく計上されているか、計上時期が適切か、入金額と帳簿が一致しているか
現金	帳簿上の現金残高と実際の現金が合っているか、根拠資料が残っているか
外注費	支払先が独立した事業者であるか、実態として給与に近い支払いではないか
役員貸付金	会社から社長への支出内容が明確か、会社と個人のお金が混ざっていないか
預り金	源泉所得税などの預り額、納付額、帳簿残高が整合しているか
経費	事業との関係を説明できるか、社長や家族の私的な支出が含まれていないか
交際費	支出先、目的、参加者などが確認できるか
在庫	決算時の棚卸しが適切に行われ、帳簿に反映されているか
消費税	取引区分や仕入税額控除などの処理が適切か
保存資料	請求書、領収書、契約書、預金通帳などの根拠資料が保存されているか

どの項目が重点的に確認されるかは、その会社の業種や取引内容、申告状況などによって変わります。

大切なのは、自社の取引内容を資料に基づいて説明できる状態にしておくことです。

税務調査における税理士の役割

税務調査に対する税理士の考え方や対応方針は、税理士によって異なります。

私個人の考えとしては、税務調査における税理士の役割は、納税者の代理人として、税務署と会社との間で事実関係や双方の認識を整理することだと考えています。

税務署は、主に税法上の要件や処理の妥当性という観点から取引を確認します。

一方、会社は、実際の事業運営や取引実務、業界の商慣行などに基づいて動いています。

そのため、取引に対する認識や税務上の見解に相違が生じることがあります。

税理士は、税務署側の問題意識や見解を会社に伝える一方で、会社側の取引実態、資料、処理を行った理由や意見を整理し、税務署に説明します。

税務署の見解をそのまま会社に受け入れさせることも、会社の主張を無条件に通すことも、税理士の役割ではありません。

帳簿や資料から確認できる事実に沿って、どのような処理が実態に近く、税務上妥当であるかを整理していく立場です。

細かな調査対応は一般化できない

税務調査対策については、さまざまな情報が発信されています。

しかし、実際の対応は、業種、取引内容、保存されている資料、申告までの経緯、税務署から指摘された内容などによって変わります。

ある会社で有効だった対応が、別の会社でもそのまま使えるとは限りません。

表面的な対応方法を取り入れるよりも、普段から会社の実態を帳簿や資料によって説明できる経理体制を整えておく方が重要です。

税務調査のために日頃から整えておきたいこと

税務調査が始まってから、過去の取引内容や資料をすべて整理するのは簡単ではありません。

特別な税務調査対策をするというよりも、日頃から次のような状態にしておくことが重要です。

会社におけるお金やモノの流れ、取引に誰がどのように関わっているかを、帳簿や資料から確認できるようにしておくことが重要です。

まとめ

税務調査は、会社が提出した申告内容と、実際の取引や保存資料が合っているかを確認する手続きです。

確認される項目は、業種、事業規模、取引内容、申告状況などによって異なります。

税務調査に備えるために重要なのは、特別な対応方法を覚えることではなく、日頃から帳簿や資料を整え、会社の取引や経理処理を説明できる状態にしておくことです。

日常の経理を適切に行うことは、正しい申告のためだけでなく、税務調査の際に会社の状況を説明するためにも重要です。